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「君が代」の歌詞は、約1000年前の古今和歌集に収められた和歌が元になってますが、その時すでに「よみ人知らず(作者不明)」なので、それより以前からある古い歌です。

長い間、日本人に好まれて、江戸時代までお祝いの歌として残りました。結婚式などで詠まれる定番の和歌だったようです。
当時は「君」は天皇に限らず、お祝いする相手のことを指していました。

明治になって国歌を決める時に、この歌が選ばれ曲がつきました。
この時に「君」=「天皇」という解釈が盛り込まれました。
戦後は「君」=「自分の大事な人」という解釈で歌う人もいます。
君が代は、要するに「大切なあなた（=君）。あなたのいる世が長くずっと続くといいな」という内容の歌なので。

反対している人達は「戦中も歌われていた『君が代』は、天皇賛美、戦争賛美の歌だから反対！」なのだそうです。