「数え方の辞典」（小学館）によると、

【動物】
匹、頭、個体
鳥類を除く動物一般は「匹」で数えます。
ただし、その中でも人間が抱きかかえられない大きさのもの、実験動物や盲導犬のように人間の役に立つものは「頭」で数える傾向があります。学術論文などで研究対象となる動物は、種類に関係なく「個体」で数えます。


って知恵袋に