主さん毎日お疲れ様です。うちも似た環境で暮らしてるのでよく分かります。。
私ならだけど、「上での食事が終わるまでは下(＝人のうち)へ行ってはいけない」をもう一度子供に説明し、お子さんは当然嫌がるだろうけど泣こうが喚こうが徹底します。
義親が連れにきても旦那に断ってもらう。うちはこういう考えでこれからはこうするからって、夫婦の考えを旦那から義親に先に伝えておいてもらう。(うちのジジババは旦那からの話だと耳を傾けるから。私が話すと素直に聞き入れてもらえない。)
ここをまず徹底して、お子さんにしっかり「我が家の食卓で食事をとる」を習慣づける。根気いるだろうけど。
やっぱり我が子だから、作らないの選択肢はないかな。
二世帯だと自分達のペースで家事育児回せない場面が多くてストレス満載だけど、譲れないところはキッチリ線引きしたら楽になると思います！お互い頑張りましょう。