給与なのか報酬なのかでも違っては来るけど、本業に副業がばれたくないなら副業分は自分で確定申告しないといけないよ。そうしたら払い過ぎてるものは戻ってくるから。だいたいは88.000円以内の場合は所得税の形状はしないけどね。源泉も出してもらってちゃんと確認もしたほうがいいと思う。