課税だろうが非課税だろうが両方通勤費として支給されてるんだから含めなくていい。

たまたま一月超えただけで即加入にはならない。
雇用契約が何時間労働になっているかが重要。
年間106万という決まりはなく、あくまでも月88000円、かつ週20時間が基準です。