存在は認めてあげてください。ただ、適正な手順を無視した運営方法が問題なんです。うちの職場から通達出しても、教育委員会は無視するし、なにより任意団体ゆえに監督権限が無く指導できないもんで…なので、好き放題ローカルルールにて運営されているケースが多すぎなんじゃないですかね？
あと、私学の保護者会は、学校法人主催のケースが多いので、任意加入とは言い切れないかと思います。