TPOを弁えていればいいのではないでしょうか？高級なお店へ伺う際に、使ったティッシュは持ち帰りますし、ファミリーレストランなどでは紙ナプキンやティッシュはまとめて置いておきます。
その置き場所がお皿の中であろうとテーブルの上であろうとどちらでも良いのではないでしょうか？一緒にいる方々を不快にさせないようその時々で使いわければ良いと思います。