マジレスすると、最近だとBLもアニメ化したり映画化してるからわりと男子が知ってても不思議ではないよー。ただ、BLって結構エロいから小学生のうちから読むのはどうなのかなとは思うかも。男同士というところよりそこが問題な気がする。
私レズとかじゃないけど、GL（レズもの）読んだりするし別に性癖とは限らないからそこの問題とは切り離して息子さんと話した方が良いと思うよ。