ｱﾙﾊﾞｲﾄでも源泉徴収票は出ますよ。
ｱﾙﾊﾞｲﾄ先に問い合わせてみてください。
それと別居中との事ですが、正式に離婚でなければご主人様の書類（勤務証明書と源泉徴収票）も必要ですよ。
また主さんが現在ご実家住みでしたら同世帯で収入がある人の分の書類も必要かもしれません。