ダブルワークしてると年末調整してくれない。

結構大きめな会社なのですが、ダブルワークしてる方は年末調整できませんとお達しがありました。
本業じゃない人ができないのはわかります。以前はダブルワークをしてても本業ならば年末調整をしてくれました。
何か国の制度が変わったりしたのでしょうか？
しれっと黙って年末調整していいかな。