ニックネームを入れ忘れてしまいまして、申し訳ありません。投稿主です。
皆さまアドバイスありがとうございます。

ご質問いただいた件ですが、
２人とも検査して一応問題無しと言われていた。
息子は、子供が欲しいけど体外受精まではお嫁さんの心身的な負担と、金銭的に大袈裟だなと思っておりお嫁さんも同じ認識だと思っていた。
お嫁さんは、結婚当初はぼんやりと「出来たら良いな」くらいだったけど毎月生理が来るたびにどんどん欲しい気持ちが大きくなって息子にそれを伝えていた。
２年間で４回は、普段はレスでは無く市販の排卵日検査薬で「この日!」という日に限って仕事や飲み会で１日ずれたり出来なかったりしたそうです。
息子は排卵日は１日くらいずれてもオッケーでお嫁さんは当日にしなきゃと言う気持ちから喧嘩が増えたそうです。

息子に離婚したくない理由を聞きました。
元々別居は離婚を切り出されてから冷却期間として復縁前提で始めたもので、まだお嫁さんの事が好きなんだそうです。
お嫁さんは別居する際に、「子供が欲しい気持ちがあなたと逆転してしまい妊活とあなたとの生活に疲れたから離婚したい」と言ったそうですが息子が「離婚はしたくない、少し距離を置いてお互いを見つめ直そう」と話したとの事でした。
戸籍上は300日～で息子の子供になるため、産まれたら否認手続きをして実父さんの籍に移す必要があるそうです。