これは親がいたたまれないですね…。
その言い方やめて！って話し方をしてしまう時期はあると思います。うちもありました。

嫌味な言い方になったら主さんが言い換えてお手本見せてあげたり、例えば「◯◯してないの？××してるだけ？」はやってない事を責めてる・バカにしてる意味の言い方だって解説してあげたりで、しばらく注意し続けるしかないのかも。
何度か注意しても直らないのは、日本語の細かいニュアンスって難しいからまだお子さんに十分伝わってないんだと思います。