皆さんありがとうございます。
賛否はあるかと思いますが、結局この地区の本部に電話をしました。

後からネットのクチコミを見たら、万札を出すと必ず1000円札はないのかと聞かれる、と複数書かれていました。
更に、ないと答えると明らかに不機嫌になる、ありがとうございますも言わなくなる、店長を呼んだけど店長も最悪な態度、等など書かれていました…

本部の方は｢すぐにその地区の担当の者に伝えて指導させ、よろしければお客様にまた連絡を～｣と、とても丁寧だったので、本部にれ。

ちなみにレジはひとつしかない店で、田舎ではない方です。