主さんの息子さんの部活、定期的な部会は無いんですか？
他の方も言われてますけど、ここまでハードな部活だったら他の保護者からの不満も出ていいような気がしますけど、知り合い程度の保護者しかいなくて話せないなら、部会で出していい案件かと。
他からは全く不満が出ず、主さんだけだったらもう我慢するしかないでしょうね。
息子さんとしっかり話をして、早退、休む、退部、か。

部活の早退や退部についての内申評価も、各学校で違うでしょうし、同じ学校の他の保護者に聞いた方がいいかと。
ちなみにうちは塾の日は早退してます。平日の週1、30分早めに帰るだけですが。強豪チームではないし部活で高校行こうと思っているわけじゃない。中学生の本分は勉強、そして何よりこの時期は食事と睡眠が大事だと考えているのでこの形にしました。子どもが早退したくないと言えばまた違う方法にしましたが、今のところ子どもも納得してます。
これはうちの考えなので、他からどう思われようが割りきるしかない。