オムツ代金等は病院によると思うので変えられないと思いますよ。超低体重児ならオムツのサイズも市販されてない病院仕様のものになると思いますし、衛生面など病院のシステムがあると思うので難しいのでは？
でもオムツ×ミルクで40万は高いですね。1000㌘以下だと3ヶ月以上の入院になるのかな？
うちの子も低体重児で１ヶ月入院してましたが、やはりオムツとオムツ拭き代金で一月で請求されたのは7000円位でしたよ。お金の件は病院か行政に相談されてはいかがでしょうか？