中１の娘がいます。
私も入学前は主さんのように気になってたのですが（笑）
実際はビニールの子もいれば巾着の子もいたり（市販、手作り）ジャージがきちんと入れば何でも良い感じです。娘の中学校の場合ですが。
うちの娘は様子見で持たせた６年生の時に学校で作ったスヌーピーの巾着袋をそのまま使ってます。（子供の手縫いなので縫いが甘い所はミシンで補強して）

上履きは皆さんが仰ってるように殆ど持ち帰りません。
終業式の時に持ち帰ることが多いのでその時ビニールを持たせておけばいいと思いますよ。