他の職員もいるし、実際に迎えに来させるんだから泣いていたのは事実なんじゃない？

主さんのとことは違うかもしれないけど、我が子の保育園（一時利用、定期利用可）の場合は「他のお子さんの保育に支障をきたすと判断した場合は保育をお断り、途中でお迎えに来て頂く場合もあります」と言われている。

子供をちゃんと見て欲しいという気持ちはよくわかるけど、預かっているのは主のお子さんだけじゃないし、他の保護者も同様に自分の子供をちゃんと見て欲しいと思っている。
保育をする側の最低のラインは「安全なら手のかからない子は放置していて良い」という訳じゃないし、主の子が泣く事によって最低ラインに支障をきたすと保育園側が判断したんじゃないかな。