国税局って税務署を管理監督する立場だよ。
問題があった時は税務署が調査に入ったんだよね？
すでに修正申告など済んで納税も完了してる案件なのに国税局が本人に直接連絡してくるのは何か変だな。それにもう税理士入れてるんでしょ？何かあるなら税理士にも連絡行くはず。
税理士さんにこんな電話があったと、問い合わせをしてみては。