夏休みに家庭訪問あるなら上記のことをきちんと説明すればいいんじゃない？その上で出来そうな改善策を相談してみては？
学校での給食や夕飯はきちんと問題なく食べられてるのかな？
夜九時半就寝で朝六時起床が辛いようならもう少し早く寝かせるとか、朝七時の朝食が体調崩すなら学校着いてからや2時間目終了後とかちょっと長い休憩時間に保健室等で持参したおにぎりを食べることを了承してもらえるかとか。