登校班で登校するのって、皆で協力して決められたことを一人一人が守って行くことに意義がある。　その中で、たまに遅れてきた子を多少待ってあげるということも、遅刻しそうだったらなんらかの手段で連絡すること、遅刻したことをあとできちんと謝罪することも必要だと思う。
しかし、努力せずわざと遅刻するような常習犯に気を使う為に集団行動するんじゃないから、常習的で改善がみられない場合は「先に行く」という判断も間違いではない。　

今後「時間になったら全員揃わなくても出発する。」「遅刻した場合は保護者が付き添いで学校へ登校すること。もしくは、登校班に追いつくまで保護者が付き添うこと」　というルールを作ることをお勧めします。