裸にして隅から隅まで調べてみてください。
泣いてばかりいる赤ちゃんを、これで異常をみつけたことがあります。

一人は肛門が異常に小さくて苦しかった子と、肛門近くに小さな赤いポチがあり、そこを触ったら激しく泣いた子。
後者は肛門に腺窩に膿が溜まっていました。

あとはどこか痒いとか、下着にチクチクする箇所があるとか、チェックしてみてください。