私も歯槽膿漏に悩まされた事あるので辛さお察しします。
お薬飲む前に、胃に何か入れましたか？激痛で食事どころじゃないと思いますが、胃が動かないと薬が効かないと思います。私がそうでした。私は食べながら薬を飲んだりも……。消化が良いものを丸のみしてました。出来そうならやってみて下さい。