うちは実母と敷地内別居してるんだけど、旅行で留守の時に万が一のためと娘の鍵を渡しておいたら、部屋の模様替えされていた上、器具を壊されて(多分無理矢理動かした)いたから怒ったよ。
確かに悪気はない。
でもダメなことはダメだよね。

合鍵は返してもらって留守中には入らないでください、とはっきり言った方がいいよ。
最初が肝心。
何年も経ってからじゃ言いにくくなるよ。

旦那にも言ってみたら？
留守中に私の母が勝手にあなたのものを触りまくっていたらどう？って。
それでなんとも思わない旦那なら、主さんが直接言うしかないよ。