初期化しても3dsのデータはマイクロsdカードに入ってます
カートリッジのデータはカートリッジに入ってます
ダウンロードソフトはeショップで再度ダウンロード出来ます

new 3dsから 3dsには引っ越し出来ない仕様なんですよね
どのみち引っ越しモトには戻せない仕様なんです