社会保険は会社で申請手続きをしたなら、次月から控除されると思います。
非課税額は税金がかからない交通費です。
基本給・残業・深夜・手当等、交通費抜きの合計金額から
社保合計を引いた金額が課税対象になります。
その金額のよって毎月のお給料から所得税額が決まります。